"Старую" церковь в ее нынешнем виде построил сэр Уильям Паттен, лорд Мэнор. Это было в 1563 году, она стояла на краю Клиссолд-парка, с северной стороны Черч-стрит. Сегодня сток-ньюингтонская церковь - единственная в Лондоне, сохранившаяся с елизаветинского периода, и одна из немногих таковых в Англии вообще. Кроме того, это самая старая англиканская церковь из тех, что никогда не принадлежали римско-католической конфессии.

От викторианской эпохи в церкви сохранились скамьи и шпиль, водруженный на древней квадратной башне известным архитектором сэром Чарльзом Барри.

С середины XIX века церковь перестает считаться сельской. В 1849 году, после темной истории с преподобным Джеромом Рэббитом, из южной части прихода св. Марии был выделен небольшой приход св. Матвея, одноименная церковь была спешно отстроена уже к 1853 году.

Столь же удивительными темпами напротив старой была выстроена новая церковь св. Марии (1850-е гг.), спроектированная архитектором Джорджем Гилбертом Скоттом в готическом стиле XIII века, - в старой же богослужения на некоторое время прекратились.

Новым ректором церкви св. Марии стал преподобный Томас Джексон, известный тем, что на его службы стекалось столь великое количество слушателей, что иногда проповеди приходилось читать в церковном саду.

Во время бомбежек второй мировой войны здание старой церкви было сильно повреждено, но впоследствии восстановлено. В наши дни, помимо богослужений, здесь регулярно проводятся концерты старинной музыки.